Di luar maksud dan dugaannya, Fransiskus menjadi kepala dan pemimpin sebuah gerakan yang luas dan semakin tebal. Akan tetapi ia sendiri sama sekali tidak merasa diri sebagai kepala, pengurus, pemimpin dan sebagainya, la terus berpegang pada cita-citanya yang asli: melaksanakan Injil Tuhan kita Yesus Kristus. Dalam Injil dikatakan bahwa Yesus mengutus rasul dan murid-Nya sampai ke ujung bumi untuk mewartakan Injil kepada segala makhluk. Ini belum dilaksanakan Fransiskus. Karena itu Fransiskus menunggu kesempatan baik untuk berangkat kepada bangsa-bangsa lain, terutama yang belum mendengar tentang Injil pendamaian dan pertobatan. Pada masa Fransiskus pecah perang salib dengan kaum muslim. Paus sendiri memimpin perang itu, meskipun tetap berada di Roma. Karena perang itu, orang kristen di Eropa mendengar banyak tentang kaum muslim. Kaum pedagang, khususnya orang Italia, juga membawa banyak berita tentang orang muslim. Kaum mislim dianggap musuh salib dan musuh Gereja yang harus dibunuh. Fransiskus juga mendengar tentang kaum muslim. Akan tetapi, ia mengambil sikap yang lain sekali, sikap injili. Fransiskus berpendapat, “Kepada mereka Injil juga perlu diberikan, bukannya dengan senjata yang membunuh, tetapi dengan perbuatan dan perkataan yang dapat meyakinkan mereka bahwa keselamatan dikaruniakan oleh Yesus Yang Tersalib”. Tahun 1213 Fransiskus berlayar ke Tanah Suci, tidak hanya karena ingin melihat tempat Tuhannya pernah hidup, tetapi terutama untuk membawa Injil kepada kaum muslim di Palestina dan Syria. Sayang, kapalnya karam dan Fransiskus terpaksa mendarat di Dalmatia (Yugoslavia), lalu kembali ke lralia. Tahun berikutnya ia melakukan per jalanan lagi, menuju ke Afrika Utara melalui Spanyol. Fransiskus nekad dan tidak mau menerima bahwa Tuhan tidak menghendaki ia menjadi misionaris, Tahun 1219 tentara Perang Salib sedang beroperasi di Mesir. Fransiskus berlayar ke Mesir. Tentara kristen sedang mengepung kota pelabuhan Damietta, tetapi tentara kristen itu terpecah-belah, bertikai dan berkelahi satu sama lain. Fransiskus amat kecewa dan berusaha mendamaikan mereka, tetapi usahanya gagal. Tanpa perlindungan siapa pun Fransiskus meninggalkan tentara kristen, mencari kaum muslim, la bertemu dengan Sultan al Malik al-Kamil sendiri.

Entah bagaimana Fransiskus berhasil menghadap Sultan. Menurut berita, Sultan sangat berkesan dan terharu karena orang kristen itu. Bahkan diceritakan bahwa Sultan memberi izin memberitakan Injil, tetapi apakah berita itu benar, entahlah. Yang pasti untuk membuktikan kebenaran Injil, Fransiskus menyatakan dirinya bersedia menaruh tangannya di dalam api. Kalau terbakar, Muhammadlah yang benar, kalau tidak terjadi apa-apa Injillah yang mesti dipercaya. Para ulama pun mesti meletakkan tangannya dalam api, namun ulama ulama itu tidak mau. Peristiwa ini sebaliknya dengan peristiwa yang terjadi pada zaman Muhammad. Muhammad pernah menantang sejumlah rahib kristen. la mau meletakkan tangannya dalam api untuk membuktikan kebenaran Alqur’an dan orang kristen juga mesti meletakkan tangannya dalam api, tetapi rahib – rahib kristen tidak berani.

Bagaimana seandainya Muhammad bertemu dengan Fransiskus? Mungkin sekali Fransiskus dengan beberapa teman dari Mesir berlayar ke Syria sebab memang ia pernah ke sana. Di negeri itu ia terserang penyakit mata (trakhom). Kemungkinan ia juga pergi ke Palestina. Akan tetapi, Fransiskus tidak dapat tinggal lama di tengah-tengah kaum muslim sebab ia mendapat kabar tentang kerusuhan dan pertikaian yang timbul di antara para saudara di Italia. Karena itu, terpaksa ia kembali ke Italia. Jelaslah Tuhan tidak memanggil Fransiskus untuk menjadi misionaris, namun ia boleh disebut MISIONARIS dengan huruf besar sebab sejak zaman dahulu umat kristen tidak lagi menjalankan misi dengan pergi kepada bangsa-bangsa lain, karena Eropa terkurung di dalam dirinya sendiri. Fransiskuslah orang pertama yang membuka kembali pintu dan jendela dengan memasukkan misi ke dalam cara hidup Injili yang ia praktekkan. Fransiskus sendiri boleh dikatakan gagal, namun pengikutnya menyebar ke mana- mana untuk mewartakan Injil, Pada masa hidup Fransiskus, mereka tidak hanya pergi kepada kaum muslim (Maroko, Syria, Palestina), tetapi bahkan sampai di Cina.